Reptil
Taman Nasional Alas Purwo mempunyai keanekaragaman jenis reptil yang cukup tinggi berdasarkan survei yang sudah dilakukan dan beberapa penelitian yang telah dilakukan di berbagai tipe habitat (Hutan Mangrove, Savana, Hutan Tanaman, Hutan Pantai dan Hutan Dataran Rendah) yang ada di kawasan TN Alas Purwo. Sampai tahun 2020 tercatat ditemukan 53 jenis reptil dari 3 ordo dan 19 famili. Famili colubridae mempunyai jenis terbanyak yang sudah teridentifikasi sebanyak 11 jenis.
Berdasarkan PermenLHK Nomor: P.106/MenLHK/Setjen/Kum.1/6/2018 tentang Perubahan Kedua atas PermenLHK Nomor: P20/MenLHK/Setjen/Kum.1/6/2018 tentang Jenis Tumbuhan dan Satwa Dilindungi, bahwa terdapat 7 jenis reptil yang dijumpai di kawasan TN Alas Purwo yang dilindungi yaitu Sanca Bodo (Python bivittatus), Biawak Abu-Abu (Varanus nebulosus), Penyu Hijau (Chelonia mydas), Penyu Sisik (Eretmochelys imbricata), Penyu Lekang/ Abu-Abu (Lepidochelys olivacea), Penyu Belimbing (Dermochelys coriacea) dan Buaya Muara (Crocodylus porosus).
Jika dilihat status perdagangan menurut CITES, bahwa terdapat 9 jenis reptil yang masuk ke dalam kategori Appendiks II yaitu Ular Kobra (Naja sputatrix), Ular King Kobra (Ophiophagus hannah), Sanca Batik (Malayopython reticulatus), Sanca Bodo (Python bivittatus), Biawak Abu-Abu (Varanus nebulosus), Biawak Air Asia (Varanus salvator), Kura Ceper (Cyclemys dentata), Kura Batok (Cuora amboinensis) dan Buaya Muara (Crocodylus porosus). Sedangkan reptil yang dijumpai di kawasan TN Alas Purwo yang masuk kategori Appendiks I terdapat 4 jenis yaitu Penyu Hijau (Chelonia mydas), Penyu Sisik (Eretmochelys imbricata), Penyu Lekang/ Abu-Abu (Lepidochelys olivacea), dan Penyu Belimbing (Dermochelys coriacea)
Untuk status konservasi menurut IUCN Redlist, terdapat 1 jenis yang masuk kategori Near threatened/ Hampir Terancam yaitu Kura Ceper (Cyclemys dentata), 5 jenis dengan status Vulnerable/ rentan yaitu Ular King Kobra (Ophiophagus hannah), Sanca Bodo (Python bivittatus), Penyu Lekang/ Abu-Abu (Lepidochelys olivacea), Penyu Belimbing (Dermochelys coriacea) dan Kura Batok (Cuora amboinensis). 1 jenis dengan status Endangered/ Genting atau Terancam yaitu Penyu Hijau (Chelonia mydas) dan 1 jenis masuk kategori Critically Endangered/ Kritis yaitu Penyu Sisik (Eretmochelys imbricata).
Amfibi
Taman Nasional Alas Purwo mempunyai keanekaragaman jenis amfibi yang cukup tinggi berdasarkan survei yang sudah dilakukan dan beberapa penelitian yang telah dilakukan di berbagai tipe habitat (Hutan Mangrove, Savana, Hutan Tanaman, Hutan Pantai dan Hutan Dataran Rendah) yang ada di kawasan TN Alas Purwo. Sampai tahun 2020 tercatat ditemukan 17 jenis amfibi dari 5 famili (Bufonidae, Microhylidae, Ranidae, Dicroglossidae, Rhacophoridae). Berdasarkan data di atas, menurut PermenLHK Nomor: P.106/MenLHK/Setjen/Kum.1/6/2018 tentang Perubahan Kedua atas PermenLHK Nomor: P20/MenLHK/Setjen/Kum.1/6/2018 tentang Jenis Tumbuhan dan Satwa Dilindungi. Jika dilihat status perdagangan menurut CITES, bahwa seluruh jenis amfibi yang dijumpai di kawasan TN Alas Purwo termasuk ke dalam Non Appendiks. Sedangkan status konservasinya menurut IUCN Redlist, semua jenis amfibi mempunyai status terancam punah yang rendah (Least Concern) kecuali satu jenis Bangkong Batu (Limnonectes macrodon) yang mempunyai status Rentan (Vulnerable).
