Secara umum Geofisik Kawasan Taman Nasional Alas Purwo mempunyai topografi landai yang membentang dari ketinggian mulai dari 0 – 322 m dpl dengan puncak tertinggi Gunung Lingga Manis. Areal curam berkembang pada batugamping berumur Miosen-Pliosen yang terangkat ke permukaan karena ada interaksi antara Lempeng Samudera Hindia (oceanic plate) yang bertemu dengan Lempeng Eurasia (continental plate).
Proses pengangkatan yang terjadi pada Pleistosen Tengah terus berlanjut dengan intensitas yang tidak selalu sama mengakibatkan daerah Semenanjung Blambangan terangkat pada ketinggian lebih dari 100 m dpl. beberapa bagian puncak bukit karst terangkat sampai ketinggian 300 m dpl. Sejak terangkat ke permukaan, batugamping mulai mengalami karstifikasi.
