Secara fisiografis Taman Nasional Alas Purwo terdiri atas 4 unit bentuklahan yaitu, bentuklahan fluvial, bentuklahan organik, bentuklahan marin dan bentuklahan karst. Bentuklahan fluvial menempati daerah bagian barat kawasan memanjang dari Teluk Pangpang sampai ke Pantai Triangulasi. Bentuklahan organik menempati bagian tepi taman nasional, terbagi menjadi dua yaitu daerah mangrove dan terumbu karang dengan luas yang belum dapat dipastikan karena bersifat sangat dinamik utamanya dipengaruhi oleh pasang-surut air laut. Bentuklahan marin menempati bagian tepi berasosiasi dengan bentuklahan organik, terbagi menjadi 5 macam bentukan yaitu; Bura, dataran pasang surut, lagun, beting gisik dan gerong laut (marine notch). Bentuklahan karst menempati sebagian besar wilayah ini, mulai dari Gunung Sembulungan, Tanjung Purwo, Tanjung Bantenan dan Teluk Banyubiru, terbagi menjadi 3 bentukan utama yaitu; perbukitan gamping terkarstifikasi awal, perbukitan gamping terkarstifikasi muda, dan perbukitan gamping terkarstifikasi dewasa.
Media Foto
Formasi geologi pembentuk kawasan Taman Nasional Alas Purwo berumur Meosen atas, terdiri dari batuan berkapur dan batuan berasam. Pada batuan berkapur terjadi proses karstifikasi yang tidak sempurna, karena faktor iklim yang kurang mendukung (relatif kering), serta batuan kapur yang diperkirakan terintrusi oleh batuan lain. Jenis batuan kapur ini menyebabkan terjadinya sejumlah gua di kawasan Taman Nasional Alas Purwo. Tidak kurang dari 44 buah gua telah teridentifikasi di dalam kawasan.
Berdasarkan elevasinya goa di kawasan dapat di kelompokkan menjadi tiga level. Level pertama adalah kelompok goa yang menempati elevasi paling rendah. Secara genetik goa pada level ini merupakan kelompok goa yang paling aktif karena pada beberapa goa proses pembentukannya sedang berlangsung, hal ini diindikasikan oleh aliran air yang keluar dari lubang goa. Goa pada kelompok pertama ini memiliki elevasi antara 21 mdpal sampai 90 mdpal. Goa-goa yang merupakan kelompok goa pada level pertama adalah : goa istana (sumber mata air), goa basori, goa kucurmas.. Level ke dua adalah kelompok goa yang menempati elevasi antara teras pertama dan teras kedua. Kelompok goa ini dicirikan oleh tidak adanya aliran air aktif, tetapi beberapa goa masih meneteskan air melalui stalaktit. Goa pada kelompok kedua ini memiliki elevasi antara 100 m dpal sampai 155 mdpal. Goa-goa yang termasuk kelompok ini adalah : goa mayangkara, goa padepokan, goa mangkleng, goa angkrik, goa 45, dan goa rajawali. Level ketiga adalah kelompok goa yang menempati elevasi di atas teras pertama. Kelompok goa ini dicirikan oleh karakteristiknya yang tidak memiliki lorong, dan dikategorikan sebagai goa ceruk (rock seltter). Goa pada level ketiga ini memiliki elevasi diatas 155 mdpal. Goa-goa yang termasuk kelompok level ketiga adalah : goa trisula, goa putri dan goa gentong
